文章信息
文章題目：De novo assembly of nuclear stress bodies rearranges and enhances NFIL3 to restrain acute inflammatory responses
期刊：Cell
發(fā)表時(shí)間：2025年5月27日
主要內(nèi)容：中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心（生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所）陳玲玲研究團(tuán)隊(duì)在 Cell 雜志發(fā)表題為 De novo assembly of nuclear stress bodies rearranges and enhances NFIL3 to restrain acute inflammatory responses 的研究論文。該研究解析了熱休克等刺激條件下誘導(dǎo)產(chǎn)生的無(wú)膜亞結(jié)構(gòu)——核應(yīng)激小體的精細(xì)層級(jí)結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)組裝過(guò)程，并揭示其通過(guò)拉近與基因的三維距離，促進(jìn) NFIL3 等基因轉(zhuǎn)錄。NFIL3 上調(diào)抑制了炎癥因子的表達(dá)，從而參與調(diào)控急性炎癥反應(yīng)，該過(guò)程與膿毒血癥患者生存率呈正相關(guān)。揭示了細(xì)胞核應(yīng)激小體具有重要的基因表達(dá)調(diào)控功能，并為膿毒血癥的精準(zhǔn)診療提供了新思路。
原文鏈接：
https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(25)00514-8
使用TransGen產(chǎn)品：
2×TransTaq? High Fidelity (HiFi) PCR SuperMix II (-dye) (AS131)
Trans1-T1 Phage Resistant Chemically Competent Cell (CD501)
研究背景
哺乳動(dòng)物細(xì)胞在各種環(huán)境脅迫與生理病理壓力下會(huì)啟動(dòng)適應(yīng)性且可逆的生存策略，包括全局性基因轉(zhuǎn)錄的抑制、蛋白質(zhì)翻譯速度的減緩、生存關(guān)鍵基因的選擇性上調(diào)、以及應(yīng)激顆粒、核應(yīng)激小體等無(wú)膜亞結(jié)構(gòu)的形成。核應(yīng)激小體是靈長(zhǎng)類細(xì)胞在應(yīng)對(duì)不同理化刺激時(shí)形成的特有的細(xì)胞核亞結(jié)構(gòu)，由 SatIII DNA、SatIII RNA 及多種蛋白質(zhì)組成。研究表明，核應(yīng)激小體可通過(guò)滯留剪接因子調(diào)控 RNA 選擇性剪接，但目前對(duì)其 SatIII RNA 轉(zhuǎn)錄程度、核應(yīng)激小體的精細(xì)結(jié)構(gòu)、組裝機(jī)制及生理病理功能仍不清楚。
文章概述
SatIII 異染色質(zhì)的顯著擴(kuò)張與廣泛轉(zhuǎn)錄驅(qū)動(dòng)核應(yīng)激小體的從頭組裝
研究團(tuán)隊(duì)對(duì)亞砷酸鈉或熱休克刺激后的 HeLa 細(xì)胞進(jìn)行了三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，發(fā)現(xiàn)原本沉默的 SatIII DNA 在多個(gè)染色體上廣泛轉(zhuǎn)錄，其中 9 號(hào)染色體 q12 區(qū)域（9q12）表達(dá)最高。利用活細(xì)胞成像技術(shù)，團(tuán)隊(duì)觀察到 9 號(hào)染色體 SatIII 異染色質(zhì)區(qū)域體積擴(kuò)張至刺激前的 2 倍，且異染色質(zhì)狀態(tài)逐漸開(kāi)放。熱休克轉(zhuǎn)錄因子 HSF1 迅速結(jié)合該區(qū)域并轉(zhuǎn)錄 SatIII RNA，100 分鐘后形成初始核應(yīng)激小體。同時(shí) SatIII RNA 招募更多的 HSF1、轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子 BRD4 以及 RNA 轉(zhuǎn)運(yùn)/剪接因子等 30 余個(gè)蛋白質(zhì)，組裝成高度有序，具有層級(jí)結(jié)構(gòu)的核應(yīng)激小體。
核應(yīng)激小體的從頭組裝調(diào)控 NFIL3 等關(guān)鍵基因表達(dá)
研究團(tuán)隊(duì)利用 TSA-Seq 技術(shù)發(fā)現(xiàn)，亞砷酸鈉和熱休克處理后分別有 46 個(gè)和 30 個(gè)基因的表達(dá)可能受核應(yīng)激小體形成的影響，這些基因稱為 SEED-UP 基因。qPCR 驗(yàn)證顯示，刺激后這些基因在 HeLa 和 THP-1 細(xì)胞中上調(diào)，而敲降 SatIII RNA 會(huì)導(dǎo)致核應(yīng)激小體解體，基因上調(diào)的趨勢(shì)也明顯減弱。進(jìn)一步分析表明，NFIL3 在核應(yīng)激小體形成后，在空間上與其靠近。同時(shí) NFIL3 和 GPBP1 等 SEED-UP 基因位點(diǎn)處染色質(zhì)可及性增強(qiáng)。啟動(dòng)子區(qū)域更易與招募至核應(yīng)激小體處的轉(zhuǎn)錄因子 HSF1 和 BRD4 結(jié)合，共同促進(jìn)這些 SEED-UP 基因的高效轉(zhuǎn)錄。
核應(yīng)激小體驅(qū)動(dòng)的 NFIL3 轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)參與調(diào)控急性炎癥反應(yīng)
研究團(tuán)隊(duì)在熱休克和病原體相關(guān)分子模式刺激的人外周血單核細(xì)胞來(lái)源的巨噬細(xì)胞中觀察到核應(yīng)激小體的形成，同時(shí) NFIL3 的表達(dá)顯著增強(qiáng)，使炎癥因子可控表達(dá)。如果干擾核應(yīng)激小體的產(chǎn)生，NFIL3 轉(zhuǎn)錄減少，下游炎癥因子水平顯著升高，這證實(shí)了核應(yīng)激小體在炎癥調(diào)控中的重要作用。
核應(yīng)激小體激活和 NFIL3 表達(dá)與膿毒血癥患者生存率呈正相關(guān)
研究發(fā)現(xiàn)，膿毒癥患者體內(nèi)有不同程度的 SatIII RNA 表達(dá)和細(xì)胞核應(yīng)激小體產(chǎn)生，且 NFIL3 與 SatIII 表達(dá)量和核應(yīng)激小體活躍度呈正相關(guān)。高表達(dá) SatIII RNA 的患者生存率顯著提升，表明核應(yīng)激小體可能通過(guò)調(diào)控炎癥反應(yīng)改善預(yù)后。這一發(fā)現(xiàn)不僅提示 SatIII RNA 可作為膿毒癥分型的生物標(biāo)志物，更為炎癥疾病的精準(zhǔn)治療提供了新靶點(diǎn)。
細(xì)胞核應(yīng)激小體的從頭組裝參與調(diào)控急性炎癥反應(yīng)
此項(xiàng)研究工作利用超高分辨率生物成像、活細(xì)胞成像、多種生化與分子生物學(xué)方法、以及臨床樣本等多種研究手段，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞核內(nèi)組裝的核應(yīng)激小體能夠調(diào)控急性炎癥反應(yīng)，揭示了靈長(zhǎng)類生命體應(yīng)對(duì)危機(jī)的精妙策略，也為膿毒血癥診療提供了全新視角。
全式金生物產(chǎn)品支撐
優(yōu)質(zhì)的試劑是科學(xué)研究的利器。全式金生物的2×TransTaq? High Fidelity (HiFi) PCR SuperMix II (-dye) (AS131)、Trans1-T1 Phage Resistant Chemically Competent Cell (CD501)助力本研究。產(chǎn)品自上市以來(lái)，深受客戶青睞，多次榮登知名期刊，助力科學(xué)研究。
2×TransTaq? High Fidelity (HiFi) PCR SuperMix II (-dye) (AS131)
本產(chǎn)品含熱啟動(dòng) DNA 聚合酶，擴(kuò)增時(shí)只需加入模板、引物和水，減少 PCR 操作時(shí)間，避免污染。
產(chǎn)品特點(diǎn)
? 擴(kuò)增效率高，穩(wěn)定性好。
? 保真性是 EasyTaq? DNA Polymerase 的18倍。
? 適用于基因組 DNA 擴(kuò)增（≤15 kb）。
? 擴(kuò)增產(chǎn)物3' 端帶 “A” 堿基，可直接克隆于 pEASY?-T系列載體中。
Trans1-T1 Phage Resistant Chemically Competent Cell (CD501)
本產(chǎn)品經(jīng)特殊工藝制作，可用于 DNA 的化學(xué)轉(zhuǎn)化。使用 pUC19 質(zhì)粒 DNA 檢測(cè)，轉(zhuǎn)化效率高達(dá) 109 cfu/μg DNA 以上。
產(chǎn)品特點(diǎn)
? Trans1-T1 Phage Resistant 感受態(tài)細(xì)胞是目前生長(zhǎng)速度最快的感受態(tài)細(xì)胞，在氨芐青霉素平板上，8-9 小時(shí)可見(jiàn)克隆。
? 用于藍(lán)、白斑篩選，12 小時(shí)可見(jiàn)藍(lán)斑。
? 將過(guò)夜培養(yǎng)的單克隆在 2 ml 的 LB 培養(yǎng)基中培養(yǎng) 4-5 小時(shí)即可進(jìn)行小量質(zhì)粒提取。
? 適用于高效的 DNA 克隆和質(zhì)粒擴(kuò)增，減少克隆 DNA 同源重組的發(fā)生，提高質(zhì)粒 DNA 的產(chǎn)量和質(zhì)量。
? 具有 T1，T5 噬菌體抗性。
全式金生物的產(chǎn)品再度亮相 Cell 期刊，不僅是對(duì)全式金生物產(chǎn)品卓越品質(zhì)與雄厚實(shí)力的有力見(jiàn)證，更生動(dòng)展現(xiàn)了全式金生物長(zhǎng)期秉持的“品質(zhì)高于一切，精品服務(wù)客戶”的核心理念。一直以來(lái)，全式金生物憑借對(duì)品質(zhì)的執(zhí)著追求和對(duì)創(chuàng)新的不懈探索，其產(chǎn)品已成為眾多科研工作者信賴的得力助手。展望未來(lái)，我們將持續(xù)推出更多優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品，期望攜手更多科研領(lǐng)域的杰出人才，共同攀登科學(xué)高峰，書(shū)寫科研創(chuàng)新的輝煌篇章。
使用 2×TransTaq? High Fidelity (HiFi) PCR SuperMix II (-dye) (AS131) 產(chǎn)品發(fā)表的部分文章：
? Liu X Q, Li P, Gao B Q, et al. De novo assembly of nuclear stress bodies rearranges and enhances NFIL3 to restrain acute inflammatory responses[J]. Cell, 2025. (IF 45.5)
? Sun M, Ma M, Deng B, et al. A neural pathway underlying hunger modulation of sexual receptivity in Drosophila females[J]. Cell Reports, 2023. (IF 7.5)
? Lin K, Zhou Y, Ai J, et al. B cell receptor signatures associated with strong and poor SARS-CoV-2 vaccine responses[J]. Emerging Microbes & Infections, 2022. (IF 8.4)
? Chen W, Li W, Wang T, et al. Isolation of functional bacterial strains from chromium-contaminated site and bioremediation potentials[J]. Journal of Environmental Management, 2022. (IF 8.0)
? Guo C J, Ma X K, Xing Y H, et al. Distinct processing of lncRNAs contributes to non-conserved functions in stem cells[J]. Cell, 2020.(IF 36.21)
使用 Trans1-T1 Phage Resistant Chemically Competent Cell（CD501）產(chǎn)品發(fā)表的部分文章：
? Zhang X X, Zhang X, Ren J W, et al. Precise modelling of mitochondrial diseases using optimized mitoBEs[J]. Nature, 2025. (IF 50.5)
? Liu X Q, Li P, Gao B Q, et al. De novo assembly of nuclear stress bodies rearranges and enhances NFIL3 to restrain acute inflammatory responses[J]. Cell, 2025. (IF 45.5)
? Yu Y, Li W, Liu Y, et al. A Zea genus-specific micropeptide controls kernel dehydration in maize[J]. Cell, 2025. (IF 45.5)
? Zhang R W, Zhou H, et al. Amplification editing enables efficient and precise duplication of DNA from short sequence to megabase and chromosomal scale [J]. Cell, 2024. (IF 45.5)
? Shan L, Xu G, Yao R W, et al. Nucleolar URB1 ensures 3′ ETS rRNA removal to prevent exosome surveillance[J]. Nature, 2023. (IF 50.5)
? Wang C, Wang J, Lu J, et al. A natural gene drive system confers reproductive isolation in rice[J]. Cell, 2023. (IF 45.5)
? Luo Y, Liu S, Xue J, et al. High-throughput screening of spike variants uncovers the key residues that alter the affinity and antigenicity of SARS-CoV-2[J]. Cell Discovery, 2023. (IF 13)
? Lei Z, Meng H, Liu L, et al. Mitochondrial base editor induces substantial nuclear off-target mutations[J]. Nature, 2022. (IF 50.5)
? Zhang Q, Zhang X, Zhu Y, et al. Recognition of cyclic dinucleotides and folates by human SLC19A1[J]. Nature, 2022. (IF 50.5)
? Li Y, Zhao L, Zhang Y, et al. Structural basis for product specificities of MLL family methyltransferases[J]. Molecular Cell, 2022. (IF 14.5)
? Wang D, Xu C, Yang W, et al. E3 ligase RNF167 and deubiquitinase STAMBPL1 modulate mTOR and cancer progression[J]. Molecular Cell, 2022. (IF 14.5)
