Q:RNase H活性對(duì)反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的影響?
A:RNase H活性能夠催化降解DNA/RNA 雜交體中的RNA。RNase H活性缺失避免了第一鏈cDNA 合成反應(yīng)中DNA/RNA 雜交體中模板RNA被降解,從而保證第一鏈cDNA 的合成量和長(zhǎng)度。
Q:不同溫度下的反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)有何差別?
A:一般的反轉(zhuǎn)錄酶的適宜反應(yīng)溫度是42℃,但是對(duì)于某些GC含量高的基因或二級(jí)結(jié)構(gòu)復(fù)雜的基因,在42℃不足以打開二級(jí)結(jié)構(gòu),使cDNA合成無(wú)法順利進(jìn)行。此時(shí)需要用耐高溫的反轉(zhuǎn)錄酶,如TransScript ? II RT或TransScript ?-Uni RT,在高溫 (≤55℃或≤65℃)條件下進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄以獲得較好的結(jié)果。
Q:RT-PCR后,無(wú)PCR產(chǎn)物的原因?
A:在反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)前一定要電泳驗(yàn)證RNA的完整性,確認(rèn)RNA沒有降解。RNA不要保存時(shí)間過(guò)長(zhǎng),盡快進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄及PCR操作。
Q:基因克隆測(cè)序后經(jīng)常發(fā)生突變的原因?
A:從cDNA進(jìn)行基因克隆時(shí),突變有可能發(fā)生在反轉(zhuǎn)錄過(guò)程,也可能發(fā)生在PCR過(guò)程中。一般用保真性高的Taq酶或者Pfu酶進(jìn)行擴(kuò)增,循環(huán)數(shù)不要太高;可通過(guò)增加模板量、減少循環(huán)數(shù)降低突變機(jī)率。為保證反轉(zhuǎn)錄時(shí)的保真性,請(qǐng)選擇保真性高的反轉(zhuǎn)錄酶。
Q:RT-PCR時(shí)模板一般使用多少?
A:反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系為20μl時(shí),用50 ng-5μg /5-500 ng Total RNA/mRNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,RT-PCR用1/20-1/10 PCR體積 (2.5-5μl) 的反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物作為PCR模板 (50μl反應(yīng)體系)。